Konflik yurisdiksi antara Mahkamah Sipil dan Mahkamah Syariah bukanlah isu baru dalam sistem dualisme hukum seperti di Malaysia. Pengislaman secara sepihak oleh salah satu pihak dalam pernikahan non-Muslim memiliki dampak pada status pernikahan dan diakui sebagai alasan sah untuk perceraian. Perkembangan signifikan terjadi ketika hak asuh anak menjadi isu, karena kedua belah pihak tidak lagi tunduk pada satu undang-undang dan pengadilan yang sama untuk tujuan adjudikasi. Praktik saat ini menunjukkan bahwa orang tua yang berpindah agama diberi keutamaan dalam hak asuh oleh Mahkamah Syariah, yang sesuai dengan pandangan mazhab Syafi'i. Pendekatan ini telah menimbulkan ketidakpuasan, terutama di kalangan pasangan non-Muslim, yang mempertanyakan apakah keputusan tersebut benar-benar memberikan manfaat terbaik bagi anak, terutama dalam kasus di mana anak masih kecil. Makalah ini bertujuan untuk mengkaji sejauh mana konflik kewenangan hukum dalam sengketa hak asuh lintas agama di Malaysia dan prinsip-prinsip yang digunakan dalam penentuan setiap kasus. Metode penelitian yang digunakan dalam kajian ini terutama adalah analisis pustaka bahan-bahan yang relevan dan penyelesaian kasus-kasus yang berkaitan dengan sengketa hak asuh lintas agama. Kajian ini juga menggunakan analisis kualitatif untuk mengkaji kekuatan dan kelemahan undang-undang yang ada dalam menyelesaikan konflik. Penafsiran yudisial dan putusan pengadilan juga dianalisis untuk mengidentifikasi prinsip-prinsip relevan yang diterapkan oleh kedua Mahkamah Sipil dan Syariah. Kajian ini menyimpulkan bahwa yang paling penting adalah kepentingan terbaik anak yang harus menjadi prinsip panduan dalam memutuskan hak asuh dalam sengketa hak asuh lintas agama, selain mekanisme penyelesaian sengketa lainnya.