Penelitian ini melakukan kajian strategis terkait langkah yang harus dilakukan untuk melakukan konseptualisasi metodologi penafsiran al-Qur’an berbasis sains di Perguruan Tinggi Keagamaan Islam di Indonesia dengan mengkaji Kitab Tafsir ‘Ilmi Kementerian Agama RI sebagai kasusnya. Pentingnya ini dikaji secara serius dan mendalam karena karakteristik paradigma penafsiran telah berubah dari sebelumnya tahlili menjadi ‘ilmi, yang disebabkan oleh alasan rasional untuk melakukan kontekstualisasi dengan permasalahan modern dewasa ini. Penafsiran al-Qur'an telah dicetuskan oleh Kementerian Agama Indonesia melalui Kitab Tafsir 'Ilmi Kemenag. Namun kontribusinya masih tidak tampak terlihat pada perguruan tinggi Islam di Indonesia, seperti di UIN Ar-Raniry, UIN Yogjakarta dan UIN Jakarta. Penelitian ini bertujuan untuk 1.Untuk mengeksplorasi latar belakang penulisan kitab tafsir ‘ilmi Kementerian Agama Republik Indonesia. 2.Untuk melihat sejauhmana kontribusi Kitab Tafsir ‘Ilmi Kementerian Agama Republik Indonesia terhadap pengembangan metodologi tafsir ‘ilmi pada Perguruan Tinggi Keagamaan Islam di Indonesia. 3.Untuk menelusuri dan mengungkap respon Dosen Ilmu al-Qur’an dan Tafsir terhadap progresivitas penafsiran al-Qur’an berbasis sains pada Perguruan Tinggi Keagamaan Islam di Indonesia. Penelitian kualitatif dipilih sebagai jenis penelitian di sini dengan menggunakan konsep integrasi sebagai pendekatannya. Lokasi Penelitian yaitu di UIN Ar-Raniry, UIN Syarif Hidayatullah dan UIN Sunan Kalijaga. Penelitian ini menerapkan teknik analisis induktif, maksudnya seluruh data dan fakta yang telah diperoleh di lapangan, kemudian diformulasikan dan diterangkan dengan cara pengklasifikasian yang relavan dengan tujuan penelitian ini. Hasil penelitian ditemukan bahwa, terjadi progresivitas penafsiran al-Qur’an dalam tiga bidang, yaitu pendidikan, penelitian dan pengabdian yang dilakukan di PTKI di Indonesia. Namun signifikan yang dilakukan pada penelitian formal, S1, S2, dan S3. Dosen Pengajar Ilmu al-Qur’an terbagi tiga kategori dalam menjelaskan keterlibatan sains dalam penfsiran, yaitu konservatif, progresif dan toleransi. Ketiga, peluang integrasi Tafsir Sains di PTKI Indonesia sangat besar terlebih adanya keinginan mengaitkan ilmu rahmatan lil alamin dalam islam dengan kemoderenan yang digalakkan oleh Kementerian agama.