Kebijakan kepemimpinan pesantren merupakan peran yang sangat penting dalam mencapai hasil pembelajaran yang efektif yaitu melalui penerapan metode pembelajaran dengan metode mudzakarah sebagai strategi pembelajaran. Metode mudzakarah merupakan sebuah metode pembelajaran yang berbasis diskusi ilmiah dan saling tukar pendapat untuk membahas permasalahan-permasalahan agama mulai dari aspek aqidah, ibadah, hadist dan aspek-aspek lainnya. Tujuan penelitian ini adalah (1) Untuk mengetahui kebijakan kepemimpinan pesantren dalam penerapan metode mudzakarah di Pesantren Darul Muta’allimin Aceh Singkil, (2) Untuk mengetahui proses pembelajaran metode mudzakarah di Pesantren Darul Muta’allimin Aceh Singkil, (3) Untuk mengetahui hambatan dalam penerapan pembelajaran metode mudzakarah di Pesantren Darul Muta’allimin Aceh Singkil. Metode yang peneliti gunakan dalam penelitian ini adalah kualitatif dengan pendekatan deskriptif. Teknik pengumpulan data dilakukan melalui observasi, wawancara dan dokumentasi dengan subjek peneltian pimpinan pesantren, guru dan santri. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa (1) Kebijakan kepemimpinan pesantren memiliki peran yang sangat penting dalam penerapan metode mudzakarah, karena dengan diterapkannya metode mudzakarah, maka dapat memperkuat ingatan santri karena adanya sistem pengulangan pembelajaran serta mempermudah santri untuk memahami pembelajaran. (2) Proses pembelajaran mudzakarah, pengajar menggunakan metode mudzakarah yaitu dengan cara ceramah, dan pengajar harus mempersiapkan bahan ajar untuk memperluas pembahasan atau penambahan wawasan santri. (3) Hambatan yang didapatkan dalam pembelajaran yaitu santri yang tidak serius dalam mengikuti pembelajaran sehingga membuat santri lain juga tidak fokus dalam memamahami pembelajaran