Dark Septate Endophyte (DSE) merupakan kelompok jamur yang hidup di dalam jaringan tanaman yang dapat mengkolonisasi akar tanaman tanpa menimbulkan gejala penyakit. Penelitian ini dilaksanakan untuk mengetahui pengaruh Dark Septate Endophyte (DSE) terhadap pertumbuhan tanaman sawi hijau (Brassica juncea) pada sistem hidroponik. Metode penelitian yang digunakan adalah Rancangan Acak Lengkap (RAL) dengan tiga perlakuan, yaitu non DSE (D0), DSE BK4 (D1) dan DSE BK5 (D2), masing-masing dengan delapan ulangan. Penelitian ini dilaksanakan selama 40 hari dengan parameter yang diamati maliputi tinggi tanaman, lebar daun, jumlah daun, berat basah, berat kering dan kandungan air. Data dianalisis menggunakan uji homogenitas varians (Levene) dan Uji One-Way ANOVA, dengan uji lanjutan yaitu Uji Tukey. Hasil penelitian memperlihatkan bahwa pemberian isolat DSE BK5 berpengaruh nyata pada berat kering dan kandungan air tanaman, tetapi tidak berpengaruh nyata dengan tinggi tanaman, lebar daun, jumlah daun dan berat basah. Pemberian DSE BK5 pada berat kering dapat meningkatkan akumulasi biomassa kering pada tanaman, yang mencerminkan efisiensi asimilasi karbon lebih optimal. Pemberian DSE BK5 pada kandungan air dapat dikatakan bahwa DSE sebagai agen hayati yang mampu meningkatkan efisiensi penyerapan air dan nutrisi pada sistem hidroponik yang terlihat dari kenaikan kandungan air tanaman.