Dark Septate Endophyte merupakan fungi endofit yang berada pada jaringan akar tanaman tidak bersifat patogen. DSE berperan untuk meningkatkan pertumbuhan tanaman, membantu penyerapan nutrisi terutama fosfat dan nitrogen, meningkatkan penyerapan air dan nenberikan perlindungan terhadap cekaman lingkungan seperti kekeringan ekstrem dan patogen tanaman. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi DSE dari tanaman Kopi Arabika (Coffea arabica). Isolasi DSE pada akar Kopi Arabika menggunakan media CMA ( Corn Meal Agar). Sampel akar Kopi Arabika diperoleh dari ketinggian yang berbeda yaitu 1110 mdpl, 1130 mdpl dan 1130 mdpl dengan suhu 20-25ºC. Setelah dilakukan pengamatan makroskopis dan mikroskopis serta uji patogenisitas di peroleh 7 isolat DSE yaitu genus Alternaria (ACA2), genus Cladosporium (ACA3, ACB3 dan ACC1), genus Phialocephala (ACB2), genus Acrocalymma (ACC2 dan ACC3). Sedangkan 3 isolat lainya yaitu merupakan jamur endofit dengan genus Aspergilus (ACA1, ACB1 dan ACB4).