Transformasi status Institut Agama Islam Negeri menjadi Universitas Islam Negeri memunculkan pro dan kontra di kalangan intelektual. Intelektual yang pro dengan optimis memandang perubahan ini sebagai peluang islamisasi ilmu pengetahuan. Sedangkan kalangan yang kontra menilainya sebagai bagian dari upaya sekularisasi ilmu- ilmu keislaman. Berangkat dari pertentangan pendapat di atas maka makalah ini ingin mencermati ke mana arah pengembangan keilmuan UIN ini hendak dibawa? Apakah ia akan mengarah kepada sekularisasi ilmu pengetahuan atau sebaliknya akan terjadi qur‟anisasi ilmu pengetahuan? Untuk menjawab permasalahan di atas maka tulisan ini menarwarkan sekaligus memformulasikan rekayasa blue print pengembangan keilmuan UIN yang berbasis qur‟ani. Perancangan ini diformulasikan dalam tiga tahapan utama; meletakkan landasan keilmuan berbasis tauhid, memformulasikan kurikulum yang mengintergrasikan ilmu-ilmu keislaman dengan ilmu-ilmu umum, dan merevitalisasikan nilai-nilai praktis dalam pengembangan ilmu-ilmu keislaman. Rekayasa blueprint ini diharapkan menjadi formula penguatan sains Islam ke depan dengan landasan tauhid yang benar sekaligus memiliki responsibilitas dalam menjawab tantangan masa depan.