Qanun Aceh No. 7 Tahun 2013 Tentang Hukum Acara Jinayat pada Pasal 95 ayat (3) mengatur tentang peradilan koneksitas. Peradilan ini bertujuan agar anggota TNI yang melakukan jarimah di Aceh maka akan masuk dalam wilayah hukum mahkamah syariah kabupaten/kota. Pada praktiknya di lapangan, bagi anggota militer yang melakukan tindak pidana yang diatur juga dalam qanun jinayah masih diadili dalam ranah peradilan militer. Penelitian ini berfokus bagaimana eksistensi peradilan koneksitas tersebut terhadap anggota TNI yang melakukan jarimah, dan apa-apa saja yang menjadi faktor penghambat sehingga peradilan koneksitas tersebut tidaklah berjalan dengan semestinya. Metode penelitian ini menggunakan metode yuridis empiris, yaitu penelitian hukum untuk menemukan fakta-fakta hukum yang ada di dalamnya. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa semenjak disahkannya qanun acara jinayah tersebut, militer tetaplah menggunakan UU No. 31 Tahun 1997 Tentang Peradilan Militer sebagai landasan hukum yang sah dalam ranah peradilan militer. Kemudian yang menjadi faktor penghambat penerapan peradilan koneksitas tersebut yaitu pertama, qanun tidak mengatur secara kompleks terkait sistem peradilan koneksitas, kedua forum koordinasi pemerintahan daerah sangatlah minim dalam membahas hal ini, ketiga adanya perbedaan pengertian dari peradilan koneksitas secara qanun dan secara ketentuan umum, keempat TNI mengenal rantai komando, sehingga pimpinan tertinggi di daerah sekalipun tidak dapat mengambil keputusan terhadap hukum yang berlaku dalam TNI. Pembaharuan qanun acara jinayat dalam hal ini sangat dibutuhkan, serta pengoptimalan dan penambahan wewenangan asisten bidang pidana militer Kejaksaan Tinggi Aceh sangatlah diperlukan sehingga terlaksananya peradilan koneksitas yang diatur dalam ketentuan qanun dan ketentuan umum.