Limbah cair perikanan merupakan salah satu jenis limbah yang mempunyai dampak negatif cukup besar dari limbah cairnya terhadap kualitas air permukaan, air tanah, kualitas udara dan kehidupan makhluk hidup. Salah satu cara untuk mengurai senyawa organik yang ada pada limbah cair adalah pengolahan. Metode pengolahan dengan menggunakan biofilter anaerob media bioball dan fitoremediasi tanaman kayu apu. Waktu kontak dalam penelitian ini pada unit sedimentasi selama 24 jam, unit biofilter anaerob enam hari, dan fitoremediasi enam hari. Hasil akhir dari ketiga unit pengolahan pada parameter pH, COD, TSS, dan Amonia secara berurutan adalah 7,43, 105 mg/L, 36 mg/L, dan 0,18 mg/L. Hasil akhir yang ditunjukkan telah sesuai dengan baku mutu yang ditetapkan.