Bakteri endofit merupakan salah satu jenis bakteri yang mampu menghasilkan metabolit sekunder atau senyawa bioaktif yang sama dengan tanaman inangnya serta memiliki kemampuan aktivitas yang lebih besar dibandingkan aktivitas senyawa yang ada pada tanaman inang tersebut diantaranya beberapa aktivitas antibakteri, antimalaria, dan antifungi. Penelitian bertujuan untuk mengetahui karakterisasi bakteri endofit, aktivitas penghambatan bakteri endofit terhadap bakteri Escherichia coli, Salmonella typhi dan Staphylococcus aureus serta untuk mengetahui genus yang diisolasi pada bakteri endofit dari daun tanaman manggis (Garcinia mangostana L.). Karakteristik morfologi bakteri endofit dari daun tanaman manggis (Garcinia mangostana L.) memiliki ciri morfologi yang berbeda. Isolat EM1, EM2, EM3, EM4, EM5, EM6, EM7, EM8, EM9, dan EM10 memiliki bentuk tidak beraturan dan seperti akar, memiliki tepian bergelombang dan berlekuk, memiliki permukaan datar, memiliki warna krem, krem putih, dan putih transparan. Berdasarkan hasil penelitian diperoleh 10 isolat yang tergolong kedalam genus Bacillus sp. Uji aktivitas dilakukan menggunakan metode Kirby Bauer. Hasil uji aktivitas Bakteri uji Staphylococcus aureus memperoleh penghambatannya lebih besar daripada Escherichia coli dan Salmonella typhi. Zona bening yang terbentuk pada bakteri uji Staphylococcus aureus yaitu18, 49 mm dikategorikan kuat, sedangkan pada bakteri uji Escherichia coli yaitu 9,99 mm yang dikategorikan sedang dan bakteri uji Salmonella typhi yaitu 7,84 mm yang dikategorikan sedang.