Penelitian ini bertujuan untuk menemukan pola relasi sosial yang terbentuk dalam relasi antarumat beragama dan implikasinya terhadap minoritas agama pada Sekolah Menengah Umum di Aceh, Bali dan Sulawesi Utara. Penelitian ini merupakan penelitian kualitatif dengan metode deskriptif komparatif dengan teknik pengumpulan data menggunakan teknik wawancara, observasi, focus group discussion (FGD) dan dokumentasi. Lokasi penelitian ini adalah Sekolah Menengah Umum Negeri (SMUN) yang dipilih berdasarkan keragaman peserta didik lintas agama di Provinsi Aceh, Bali, dan Sulawesi Utara. Subjek penelitian ini adalah kepala sekolah, guru dan siswa pada SMUN di Provinsi Aceh, Bali, dan Sulawesi Utara. Hasil penelitian menunjukkan bahwa: pertama, pola relasi sosial yang terbentuk pada sekolah umum di tiga lokasi yaitu Prov. Aceh, Bali dan Sulawesi Utara ditemukan bahwa pola relasi sosial assosiatif terjadi pada Sekolah Menengah Umum di Provinsi Aceh dan Sulawesi Utara, sedangkan pola relasi sosial dissosiatif terjadi pada Sekolah Menengah Umum di Provinsi Bali. Kedua, implikasi pola relasi sosial yang terbentuk terhadap minoritas agama pada Sekolah Menengah Umum di tiga lokasi penelitian (Aceh, Bali dan Sulawesi Utara) dapat diklasifikasikan kepada tiga bentuk implikasi yaitu: implikasi spiritual, implikasi psikologis dan implikasi sosiologis.