Pengembangan bahan ajar pada proses pembelajaran dapat membantu pendidik dalam menyampaikan informasi terkait materi yang diajarkan di sekolah. Berdasarkan observasi SMP N 3 Ingin Jaya merupakan sekolah terpadu dan memiliki nilai kedisiplinan yang tinggi, namun di SMP N 3 Ingin Jaya masih kurangnya media pendukung pembelajaran yang bisa digunakan. Maka dari itu perlu adanya sebuah media yang dapat digunakan siswa khususnya pada materi sistem reproduksi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengembangan modul ajar, mengetahui kelayakan dan respon peserta didik terhadap modul ajar berbasis ayat Al-Qur’an Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode pengembangan (research and development) menggunakan model pengembangan 4D. Analisis data kelayakan dan respon siswa menggunakan rumus persentase. Hasil penelitian diketahui bahwa Pengembangan desain media modul ajar pada materi Sistem Reproduksi di SMPN 3 Ingin Jaya menggunakan model pengembangan 4-D yang dikembangkan oleh Thiagarajan dengan tahapan sebagai berikut: tahap define, tahap design, tahap development dan tahap disseminate. Media pembelajaran ini memuat materi Sistem Reproduksi secara lengkap dengan perpaduan teks dan gambar. Kelayakan media modul ajar pada materi Sistem Reproduksi di SMPN 3 Ingin Jaya diperoleh persentase sebesar 79,35% dengan kategori layak, yang terdiri dari kelayakan ahli tafsir diperoleh persentase 98,3% dengan kriteria sangat layak, ahli media diperoleh 68,75% dengan kriteria layak dan ahli materi diperoleh 71% dengan kriteria layak. Respon siswa terhadap media modul ajar diperoleh persentase 96,05% dengan kriteria sangat baik. Kesimpulan penelitian ini adalah pengembangan modul ajar berbasis ayat Al-Qur’an menggunakan model 4D, dengan kelayakan tafsir sangat layak, kelayakan materi dan media termasuk layak. Respon siswa terhadap media diperoleh kriteria sangat baik sehingga dapat dijadikan media pada materi sistem resproduksi di sekolah.