Pelajaran biologi terkesan sulit, disebabkan banyak hafalan, dan cenderung membosankan, sebaiknya segera diatasi agar tidak menjadi persoalan yang berlarut-larut. Salah satu cara untuk mengubah paradigma ini adalah guru perlu segera melakukan inovasi dalam pembelajaran biologi. Penelitian ini fokus pada perancangan media pembelajaran berbasis video dengan menggunakan software animaker, yang dimaksudkan untuk meningkatkan hasil belajar siswa SMA N 3 Simeulue Tengah. Penelitian ini bertujuan yang pertama untuk mengetahui perancangan alat peraga virtual 2D berbasis animaker pada materi struktur model DNA, yang kedua untuk mengetahui kelayakan alat peraga virtual 2D berbasis animaker pada materi struktur model DNA. Perancangan media ini menggunakan metode research and development (R&D) yang berguna untuk menghasilkan produk tertentu dan menguji kelayakan dari produk tersebut selain itu penelitian ini juga menggunakan model ADDIE, yang merupakan singkatan dari Analysis, Design, Development, Implementation dan Evaluation. Hasil penelitian menunjukkan keefektifan media 61,77 % melaui uji Gain yang berati media pembelajran ini cukup efektif. Ahli media dengan nilai persentase 84% dengan kategori baik sekali, serta ahli materi dengan persentase 92% dengan kategori bagus sekali. Adapun hasil responden siswa setelah menggunakan media ini dinilai dengan persentase 89,25% dengan kategori baik sekali. Dapat disimpulkan bahwa, media pembelajaran materi pengenalan struktur model DNA ini dapat diterapkan pada siswa dan layak digunakan sebagai bahan ajar untuk proses pembelajaran.