Bunga kencana ungu (Ruellia Tuberosa L) adalah memiliki warna bunga yang menarik dan sering dimanfaatkan sebagai obat herbal. Bunga kencana ungu mengandung senyawa metabolit sekunder alkaloid, flavonoid, tanin, saponin dan terpenoid. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh perbedaan metode ekstraksi untuk mengidentifikasi senyawa metabolit sekunder yang terkandung dalam bunga kencana ungu. Metode ekstraksi dilakukan dengan 2 cara yang berbeda yaitu maserasi dan sonikasi. Identifikasi senyawa metabolit sekunder dilakukan dengan uji skrining fitokimia. Karakteristik senyawa menggunakan FTIR dan GC-MS pada rendemen. Hasil penelitian menunjukkan rendemen maserasi sebesar 15,6982%, dan sonikasi sebesar 17,505%. Uji skrining fitokimia menunjukkan adanya alkaloid, flavonoid, steroid dan terpenoid. Karakterisasi FTIR menunjukkan adanya gugus fungsi O-H, CH3, dan C=C. Identifikasi menggunakan GC-MS menunjukkan pada metode maserasi adanya 6 senyawa metabolit sekunder yang terdeteksi dengan rata-rata persentase area 0,122%, dan pada metode sonikasi adanya 10 senyawa metabolit sekunder yang terdeteksi dengan rata-rata persentase area 0,136%. Dapat disimpulkan sonikasi merupakan cara terbaik untuk mengidentifikasi senyawa metabolit sekunder bunga kencana ungu.