Masjid Tuha Indrapuri, Aceh Besar dan Masjid Tuha Uleekareng, Banda Aceh merupakan dua contoh masjid di Provinsi Aceh yang mengusung konsep masjid nusantara. Namun, secara mendetail, keduanya memiliki perbedaan fasade dan beberapa karakter arsitektur lainnya. Masjid Tuha Indrapuri, Aceh Besar merepresentasikan arsitektur percandian sedangkan Masjid Tuha Uleekareng, Banda Aceh merefleksikan arstektur kayu. Oleh karena itu, studi ini bertujuan untuk mengkaji perbedaan physical system dan stylistic system dari kedua objek tersebut. Peneliti menggunakan metode kualitatif dan menggunakan pendekatan deskriptif kualitatif, yang bertujuan untuk memberikan sebuah gambaran lebih dalam terkait objek penelitian. Proses pengumpulan data dilakukan dengan observasi. Data yang dikumpulkan lalu dikelompokkan berdasarkan elemen arsitektur masjid nusantara. Hasil penelitian menunjukkan bahwa adanya perbedaan karakter Arsitektur Masjid Nusantara pada physical system dan stylistic system pada kedua objek penelitian. Dari segi physical system, perbedaan terdapat pada elemen atap (jumlah tingkat atap tumpang), letak mihrab, jumlah kolom, keberadaan makam dan beduk, menara dan kolam wudhu. Sementara, dari segi stylistic system, perbedaan terlihat dari keberadaan mamolo, letak dan motif ukiran