Sekuensing Fungi Patogen Berbasis Oxford Nanophore Technology (ONT) pada Kulit Buah Kopi Arabika (Coffea arabica) dari Desa Tawar Miko, Aceh Tengah

Kopi arabika (Coffea arabica L.) di Aceh Tengah rentan terhadap penyakit busuk buah (coffee fruit rot/ CFR) yang disebabkan oleh kompleks patogen fungi. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi keanekaragaman fungi patogen pada kulit buah kopi arabika bergejala busuk hitam dari Desa Tawar Miko, Aceh Tengah, menggunakan metabarcoding berbasis Oxford Nanopore Technology. Sampel buah kopi yang busuk diambil secara acak, dilakukam ekstraksi DNA total, amplifikasi gen penanda Internal Transcribed Spacer (ITS) rDNA, dan sekuensing Oxford Nanopore. Data sekuens dianalisis secara bioinformatika untuk menentukan komposisi taksonomi dan menghitung indeks keanekaragaman. Hasil analisis mengidentifikasi 57 spesies dengan total 134.371 sekuens yang tergolong ke dalam 17 genus. Lima filum terdeteksi dengan dominasi Ascomycota (94,53%), diikuti oleh Unknown (5,40%), Zoopagomycota (0,04%), Bacillota (0,02%), dan Actinomycota (0,01%). Sepuluh genus utama menunjukkan kelimpahan yang bervariasi, yaitu Kurtzmaniella (48,64%), Penicillium (45,59%), Unknown (5,40%), Brettanomyces (0,07%), Chlamydocillium (0,07%), Scolecobasidium (0,06%), Brunneoclavispora (0,02%), Coemansia (0,02%), Pandora (0,02%), dan Other (0,11%). Tiga spesies dominan adalah Kurtzmaniella quercitrusa (48,60%), Penicillium crustosum (39,75%), dan Penicillium coprobium (3,79%). Nilai indeks Shannon (H′) sebesar 1,17 menunjukkan tingkat keanekaragaman yang rendah dengan dominansi tinggi (Simpson D = 0,6). Temuan ini memberikan gambaran dasar komunitas fungi patogen pada busuk buah kopi arabika dan berimplikasi sebagai dasar pengembangan strategi pengendalian penyakit tanaman untuk meningkatkan mutu dan keamanan kopi di Aceh Tengah.